W ocenie Muzeum zarządzenie Ministra zostało wydane z naruszeniem przepisów prawa, w szczególności art. 5a ust. 1 i 2 ustawy o muzeach. Zgodnie z tymi przepisami Muzeum może być łączone z innymi instytucjami kultury działającymi na podstawie przepisów o organizowaniu działalności kulturalnej, jeżeli połączenie nie spowoduje uszczerbku w wykonywaniu dotychczasowych zadań. Połączenie może nastąpić po pozytywnym zaopiniowaniu przez Radę do Spraw Muzeów.

Ministerstwo już wcześniej zapowiedziało, że nie wystąpiło i nie wystąpi o opinię Rady do Spraw Muzeów odnośnie planowanego połączenia tym samym naruszając ust. 2 art. 5a ustawy o muzeach. Jednocześnie w uzasadnieniu wezwania Muzeum wskazało szeroką argumentację, którą przedstawiano Ministerstwu już od momentu ukazania się obwieszczenia zamiaru o połączeniu Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku z Muzeum Westerplatte i Wojny 1939, w zakresie uszczerbku planowanego procesu łączenia instytucji dla wykonywania dotychczasowych zadań Muzeum II Wojny Światowej m.in. poprzez zagrożenie integralności zgromadzonych zbiorów oraz gotowej już wystawy stałej, nad którą zespół muzeum pracował przez osiem ostatnich lat. Powyższe prowadziłoby do uszczerbku w działalności Muzeum, o którym mowa w cytowanym przepisie.

Wskazano również, iż efekt w postaci oszczędności dla Skarbu Państwa, który wedle treści obwieszczenia Ministra planowano osiągnąć w drodze połączenia, nie zostałby uzyskany. Przeciwnie, połączenie obu instytucji, w szczególności tuż przed zakończeniem robót budowlanych na budowie Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku, doprowadziłoby do nieuzasadnionych istotnych wydatków dla Skarbu Państwa związanych z likwidacją Muzeum i koniecznością inwentaryzacji robót prowadzącą m.in. do potencjalnego wstrzymania prac na bliżej nieokreślony okres czasu, opóźnienie w realizacji inwestycji i związane z tym faktem niebagatelne koszty.