Główne zarzuty Komisji to:
- generalne wyłączanie przepisów ochrony gatunkowej wobec "racjonalnej gospodarki leśnej, rolnej i rybackiej" (mimo zmian w ustawie, klauzula taka wciąż tkwi w rozporządzeniach)
- wyłączenie ochrony gatunkowej kormorana czapli i wydry na stawach rybnych,
- brak ochrony ptaków europejskich nie występujących w Polsce (dyrektywa
wymaga ochrony np. przed handlem).

GDOS i MŚ przygotowały projekt zmiany ustawy oraz nowe rozporządzenie o
ochronie zwierząt; były one już dawno temu przedmiotem konsultacji
społecznych. Jednak, rozporządzenie nie zostało wydane, a ustawa nie została
nawet skierowana do Sejmu. Ponadto, wydaje się, że nie usuwają one
zarzucanych niezgodności z prawem europejskim: z projektów tych wynika, że
władze polskie upierają się przy pewnych formach wyłączenia gospodarki
leśnej, rolnej i rybackiej spod wymogów ochrony gatunkowej ("art. 52a" ustawy o ochronie przyrody).

Trybunał w obu sprawach będzie orzekał wg. stanu prawnego na styczeń 2010 r. (chyba że Komisja wycofałaby sprawy, a zapewne zrobiłaby to, gdyby Polska usunęła wszystkie niezgodności ze swojego prawa).

Za: Klub Przyrodników